Villa Margarita possède 12 chambres accessibles par des couloirs extérieurs et comprenant un coffre-fort (suffisamment grand pour accueillir un ordinateur portable) et une machine à espresso. Les chambres donnent sur un lanai aménagé. Les lits sont dotés de matelas avec surmatelas. Une télévision LCD 28 pouces donne accès aux chaînes numériques.
Les salles de bain comprennent une douche, des chaussons, des articles de toilette gratuits et un sèche-cheveux. Cet hôtel de Mykonos offre l'accès gratuit à Internet par Wi-Fi. Un service de ménage est fourni tous les jours.